BSC 專題課程
把你手上的問題,變成這個網站上一串問得出答案的查詢
Virtual Fly Brain 是果蠅神經系統的知識庫。它把電子顯微鏡重建的連線、螢光顯微鏡拍的影像、單顆神經元的形態、單細胞的基因表現放在同一組座標與同一套詞彙底下,所以你可以問「這個腦區裡有哪些神經元」而不必管那些資料原本出自哪一篇論文。
多數人第一次用它,會把它當成找圖的網站:在搜尋框打一個字串、拿到幾十筆看不懂的結果、然後離開。這門課要換掉的就是這個用法。
scripts/vfb_probe.py 向 VFB 的公開介面查回來、存成檔案,圖說裡會標明抓取日期。網站的資料會更新,數字跟著會變——變了也查得出來是哪一個變了。別人的資料憑什麼可以跟你的疊在一起。平均腦、對位的三個階段、跨座標系要付的誤差。
含六張自製圖:三個角度的分區地圖、兩個座標系的對照,以及一次自己做的橋接對位
PART 2 把一個名字問清楚搜尋、Term Info、以及一件最多人不知道的事:VFB 查的是本體論裡的詞,不是字串。
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PART 3 從腦區找到神經元現成查詢、結果表、三維檢視與切片檢視。
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PART 4 連線體八套連線資料、版本與棄用,以及為什麼那些神經元數目不能相加。
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PART 5 形態比對:NBLAST 與 FlyCircuit相似度分數怎麼讀,以及拿原始資料驗證 VFB 說得對不對。
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PART 6 接到程式與 AI批次下載、VFB_connect,以及 VFB 自己架的那台 MCP 伺服器。
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不教你自己做對位。PART 1 會講對位是什麼、會出什麼錯,但不教 CMTK 或 elastix 怎麼用——那是另一門課。也不是操作手冊。網站的介面會改版,按鈕會搬位置;這門課教的是問題怎麼問,那件事不會隨改版失效。