BSC 專題課程

怎麼用 Virtual Fly Brain

把你手上的問題,變成這個網站上一串問得出答案的查詢

Virtual Fly Brain 是果蠅神經系統的知識庫。它把電子顯微鏡重建的連線、螢光顯微鏡拍的影像、單顆神經元的形態、單細胞的基因表現放在同一組座標同一套詞彙底下,所以你可以問「這個腦區裡有哪些神經元」而不必管那些資料原本出自哪一篇論文。

多數人第一次用它,會把它當成找圖的網站:在搜尋框打一個字串、拿到幾十筆看不懂的結果、然後離開。這門課要換掉的就是這個用法。

給誰看
有研究資料、想用 AI 處理它、但沒寫過程式的人。前五個部分全部在瀏覽器裡做得完,不用安裝、不用登入。
怎麼教
每一個部分從一個真的研究問題開始,操作只是達成它的路徑。用滑鼠做得完的就用滑鼠;滑鼠做不到或做得很痛苦的時候(批次、翻頁、要算不重複的個數),才會多給你同一件事的程式寫法,以及同一件事怎麼問 AI。不是每一節都有那兩層。
數字怎麼來的
頁面上每一個數字都是查回來、存成檔案的,圖說裡會標明抓取日期:scripts/vfb_probe.py 問 VFB 的公開介面(資料庫裡有什麼),scripts/browser_probe.py 用真的瀏覽器把畫面拍下來(學員螢幕上有什麼)。這是兩件不同的事,數字也常常不一樣。網站會更新,數字跟著會變——變了也查得出來是哪一個變了。
PART 1 座標系:template 與 registration

別人的資料憑什麼可以跟你的疊在一起。平均腦、對位的三個階段、跨座標系要付的誤差。

含六張自製圖:三個角度的分區地圖、兩個座標系的對照,以及一次自己做的橋接對位

PART 2 把一個名字問清楚

同一塊腦區,五套連線資料用五種寫法叫它。VFB 查的是本體論裡的詞,不是字串——而這件事會改變你數東西的方法。

含三個搜尋框的實測對照(同一個字,三種結果),以及類別與個體的並排比較

PART 3 從腦區找到神經元

現成查詢、結果表、三維檢視與切片檢視。

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PART 4 連線體

八套連線資料、版本與棄用,以及為什麼那些神經元數目不能相加。

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PART 5 形態比對:NBLAST 與 FlyCircuit

相似度分數怎麼讀,以及拿原始資料驗證 VFB 說得對不對。

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PART 6 接到程式與 AI

批次下載、VFB_connect,以及 VFB 自己架的那台 MCP 伺服器。

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這門課不教什麼

不教你自己做對位。PART 1 會講對位是什麼、會出什麼錯,但不教 CMTK 或 elastix 怎麼用——那是另一門課。也不是操作手冊。網站的介面會改版,按鈕會搬位置;這門課教的是問題怎麼問,那件事不會隨改版失效。

BSC 專題課程 · 教學用途,非營利 ·  引用的資料與影像各自標明來源與授權,網站內容引用自 virtualflybrain.org