收錄登記簿
papers/ 底下每一份 PDF 的處理狀態。新論文丟進 papers/ 之後，這裡是唯一需要人／Claude 手動維護的紀錄。
其餘的都能從檔案系統推出來，所以這份登記簿只記三件推不出來的事：
- 哪些 PDF 決定不收錄，以及為什麼——沒有這一條，每次更新都會重新提議同一份被否決的檔案。
- 每一份屬於哪個領域——決定它進
index.md的哪一個 H2。 - 處理日期與備註。
「涉及哪些主題」不記在這裡，因為它已經在該來源頁的「相關」段與 index.md 裡了；
記第三次只會多一個會走鐘的地方。
對帳
登記簿會失準，所以不要只信它。查核用：
python3 tools/scan.py # 完整報告：待處理／已收錄／不收錄／異常
python3 tools/scan.py --todo # 只印待處理的檔名，一行一個
腳本比對三個來源：papers/ 實際存在的 PDF、wiki/sources/*.md 的 citation 欄指向的 PDF、
以及本檔的表格。三者不一致就報異常，但不自動修正——修正要判斷，交給人。
三者都以檔名為鍵，因此同一篇論文換個檔名再丟進來，對帳會把它當成全新的一篇。
scan.py 為此另跑一輪不看檔名的重複偵測：sha256／DOI／PDF 內嵌標題／逐頁詞組指紋四道任一成立
即列為異常，另有逐頁重疊 50–80% 與首頁相似度兩個提示。
判定為重複時：狀態填 不收錄、備註寫「與 <原檔名> 同一篇」，並在下面的判定紀錄補一段。
判定不收錄之後，那份檔從 papers/ 消失是預期的收斂結果，scan.py 不算它異常（登記列與判定紀錄留著，下次同一份再丟進來照樣被攔）。
但 已收錄／待處理／處理中 的檔案消失仍然是異常——尤其 已收錄，那表示某個來源頁的 citation 指向一個開不起來的 PDF。
狀態的四種值
| 狀態 | 意思 |
|---|---|
已收錄 |
來源頁已寫完，且相關主題／概念／實體頁已更新 |
待處理 |
已放進 papers/，還沒動 |
處理中 |
正在寫，尚未完成。中斷時務必留下這個狀態，否則下次會被當成待處理重做 |
不收錄 |
已判定不收。必須在備註欄寫出理由，否則下次會被重新提議 |
登記表
| PDF 檔名 | 狀態 | 來源頁 | 領域 | 日期 | 備註 |
|---|---|---|---|---|---|
2009-Dynamics of learning-related cAMP signaling and stimulus integration in the Drosophila olfactory pathway.pdf |
已收錄 | s-tomchik-2009-camp-dynamics | 學習的訊號機制 | 2026-10-25 | NIH PMC 作者稿（PMC4080329），© Elsevier。補充資料未取得：補充方法與補充圖 2、3、5、8，需人工從 https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4080329/ 下載（自動下載被反機器人驗證擋下） |
2015-Heterosynaptic Plasticity Underlies Aversive Olfactory Learning in Drosophila.pdf |
已收錄 | s-hige-2015-heterosynaptic-plasticity | 學習的訊號機制 | 2026-10-25 | 出版社排版版，© Elsevier。補充資料未取得：補充方法與圖 S1–S7（含 P.I. 公式、LTD 持續時間圖 S4），需人工從 https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4674068/ 下載 |
2019-Distinct dopamine receptor pathways underlie the temporal sensitivity of associative learning.pdf |
已收錄 | s-handler-2019-dopamine-receptor-timing | 學習的訊號機制 | 2026-10-25 | HHS PMC 作者稿（PMC9012144），© Elsevier，含 STAR Methods。補充圖 S1–S8 未取得，需人工從 https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9012144/ 下載 |
2015-Coordinated and compartmentalized neuromodulation shapes sensory processing in Drosophila.pdf |
已收錄 | s-cohn-2015-coordinated-neuromodulation | 學習的訊號機制；記憶寫入之後 | 2026-10-25 | HHS PMC 作者稿（PMC4732734），© Elsevier。補充資料 S1–S7 與表 S1 未取得（含 ATP 刺激參數，見 syn-contradictions 1.3），需人工從 https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4732734/ 下載 |
2015-Reward signal in a recurrent circuit drives appetitive long-term memory formation.pdf |
已收錄 | s-ichinose-2015-reward-recurrent-circuit | 記憶寫入之後 | 2026-10-25 | eLife，CC BY（PMC4643015）。PDF 依規則仍不進 git。figure supplement 與影片 1 未取得，見 https://elifesciences.org/articles/10719 |
2016-Dopaminergic neurons write and update memories with cell-type-specific rules.pdf |
已收錄 | s-aso-2016-dan-cell-type-rules | 記憶寫入之後；學習的訊號機制 | 2026-10-25 | eLife，CC BY（PMC4987137）。PDF 依規則仍不進 git。figure supplement（含其他區室的時間差曲線）與影片未取得，見 https://elifesciences.org/articles/16135 |
2017-Re-evaluation of learned information in Drosophila.pdf |
已收錄 | s-felsenberg-2017-re-evaluation | 記憶寫入之後 | 2026-10-25 | 出版社版，© Springer Nature；免費全文為 Europe PMC 作者稿（PMC5392358）。PDF 含方法與延伸圖 1–6；Supplementary Information 與 Source Data 未取得 |
2018-Integration of parallel opposing memories underlies memory extinction.pdf |
已收錄 | s-felsenberg-2018-memory-extinction | 記憶寫入之後 | 2026-10-25 | Cell，CC BY 4.0（PMC6198041）。PDF 依規則仍不進 git。含補充圖 S1–S7；表 S1（全部 n 與 p 值）未取得，需人工從 https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6198041/ 下載 |
不收錄的判定紀錄
目前無。
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