數字登記簿
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Tomchik 2009(KC 內 cAMP 的協同與時間窗)
來源頁:s-tomchik-2009-camp-dynamics。「※ 從圖判讀」者為本庫由圖讀出,誤差約 ±0.3 個百分點(cAMP 柱圖)或 ±0.02(P.I.);其餘取自正文或圖說,行號為 .cache/2009-dynamics-.../text.txt。
| 量 | 值 | 定義/量測方式 | 註記 |
|---|---|---|---|
| 作者數 | 2 | Tomchik SM、Davis RL | |
| 刊期 | 2009-11-25;Neuron 64(4):510–521 | PMC 作者稿 2014-07-03 公開(PMC4080329) | |
| 離體腦存活時間 | ≥ 4 小時;記錄限解剖後 1.5 小時內 | 正文第 160 行 | |
| 灌流速度 | 1 ml/min | 方法,第 702 行 | |
| 浴灌給藥時長 | 30 s | 換灌流液,方法第 709–710 行 | 圖 7 的多巴胺為「1 分鐘」(第 525 行),⚠️ 單篇不一致或不同實驗 |
| 高鉀去極化 | 100 mM K⁺ | 檢查離體腦存活 | 圖 1B,4 顆腦範例 |
| 成像解析度 | 256×256 像素 | 圖 1A、2A 圖說 | 比例尺 5 µm(圖 1A)、10 µm(圖 2A) |
| 浴灌濃度範圍 | 多巴胺/章魚胺 10 nM–10 mM(cAMP);1 µM–10 mM(鈣) | 圖 1F、2E 橫軸;正文第 167 行 | |
| 10 mM 章魚胺鈣反應 | 15.0 ± 2.0% ΔF/F0 | α 葉,238Y>G-CaMP 1.6,平均 ± S.E.M. | 圖 1F 誤差棒目視約 ±0.8(※ 從圖判讀) |
| 圖 1 n | 10 | α 葉鈣劑量反應 | |
| 章魚胺 vs 多巴胺鈣反應(10 mM) | p < 0.001 | ANOVA 後 Fisher's LSD | |
| 10 mM 多巴胺鈣反應 | ≈ +3.5%(F 格);平均曲線先降 ≈ −4%(E 格) | ※ 從圖判讀 | 方向不一致,反應幅度定義未說明 |
| forskolin 劑量反應 n | 7 | α 葉 cAMP,238Y>Epac1-camps | |
| 10 µM forskolin cAMP | 11.2 ± 1.2% ΔR/R0 | 平均 ± S.E.M. | |
| 100 µM forskolin cAMP | ≈ 40% ΔR/R0 | ※ 從圖 2B、2D 判讀 | 證明感測器上限遠高於 11.9% |
| 多巴胺最大 cAMP(10 mM) | 11.9 ± 1.3% ΔR/R0 | 浴灌,α 葉,n = 5 | 正文稱「飽和約 11.9%」(第 349 行) |
| 章魚胺最大 cAMP | 11.5 ± 1.9% ΔR/R0 | 同上 | 只在圖說 |
| 多巴胺 10 mM vs forskolin 10 µM | p = 0.72(t 檢定) | ||
| 章魚胺 > 多巴胺(cAMP) | 10 µM p = 0.0085;100 µM p = 0.0070 | ANOVA 後 Fisher's LSD,α 葉 | |
| 章魚胺/多巴胺半最大濃度 | 章魚胺 ≈ 5–10 µM;多巴胺 ≈ 100–200 µM | ※ 由圖 2E 擬合曲線判讀 | 論文未給 EC50 |
| rut 對浴灌反應的影響 | 多巴胺 p = 0.59;章魚胺 p = 0.29;n = 13 | 重複量數 ANOVA,rut¹ vs rut¹/+ | 「沒偵測到差異」 |
| rut¹ 背景多巴胺 10 mM 反應 | ≈ 8.5% ΔR/R0 | ※ 從圖 2F 判讀 | 低於圖 2E 的 11.9%,背景不同 |
| rut 依賴的初始學習比例 | 約 50% | 正文第 223 行引 Han et al. 1992 | 非本篇實驗 |
| 圖 3 n | 5(萼部與葉部為兩組不同的腦) | c739>Epac1-camps | |
| 葉部 > 萼部(多巴胺) | 1 mM p = 0.0065;10 mM p < 0.001 | ANOVA 後 Fisher's LSD | |
| 萼部多巴胺平均反應 | 100 µM ≈ +2.8%;1 mM ≈ +5.6% | ※ 從圖 3C 判讀 | 個別腦有升有降 |
| 萼部 > 葉部(章魚胺) | 100 nM p = 0.043;1 µM p = 0.0027;10 µM p = 0.020 | 同上 | 10 nM 時萼部 ≈ 1.8% vs 葉部 ≈ 0.3%(※ 從圖判讀,基線偏移) |
| 萼部章魚胺飽和 | 10 µM | 正文第 262 行 | |
| c739 α 葉多巴胺上限 | ≈ 14.5% | ※ 從圖 3C 判讀 | 與 238Y 的 11.9% 不同品系 |
| 圖 4 n | 每組 5 | ||
| γ/α′ 葉閾值 | 10–100 µM,無漸近線 | 1471、c305a | |
| α′ 葉多巴胺 vs 章魚胺 | p = 0.38,n = 5 | 重複量數 ANOVA | |
| γ 葉多巴胺 vs 章魚胺 | p = 0.95,n = 5 | 同上 | |
| DPM 章魚胺 > 多巴胺 | 1 mM p = 0.034 | 只在 1、10 mM 有反應 | c316 |
| PN 樹突 章魚胺 > 多巴胺 | 100 nM、1 µM、10 µM、100 µM、10 mM:p = 0.0081、0.034、0.0046、< 0.001、< 0.001 | GH146,觸角葉 | |
| PN 軸突 章魚胺 > 多巴胺 | 1 µM、10 µM、100 µM、1 mM:p = 0.017、0.0084、0.011、< 0.001 | GH146,萼部 | |
| PN 樹突最大反應 | ≈ 29% ΔR/R0 | ※ 從圖 4D 判讀 | 跨品系幅度比較受表現量影響 |
| 局部給藥濃度(微管內) | ACh 30 mM;DA 1 mM;OA 100 µM | 不等於組織內濃度 | |
| 微管管尖直徑 | 5–10(原文單位 µM,應為 µm) | 方法第 722 行 | 筆誤 |
| Texas Red dextran | 1 µM | 監看噴射 | |
| 刺激間隔 | 3 分鐘 | 補充圖 5 顯示無 priming(?待查) | |
| 配對延遲(主實驗) | ACh 先,1 s 後 DA | ||
| G 格顯著窗口 | 8 s,p < 0.01 | 逐點 Fisher's LSD | |
| 238Y α 葉 協同 | n = 11;整體 p = 0.0082(重複量數 ANOVA);幅度 p = 0.041(t) | 相加 ≈ 6.4%、配對 ≈ 9.8%,差 ≈ +3.4,比 ≈ 1.53(※ 從圖 5I 判讀) | |
| 238Y α′ 葉 協同 | n = 11;p = 0.0025 | 相加 ≈ 13.8、配對 ≈ 19.6,比 ≈ 1.42(※) | |
| c739 α 葉 協同 | n = 12;p = 0.035 | 相加 ≈ 4.8、配對 ≈ 6.0,差 ≈ +1.2,比 ≈ 1.25(※) | 另一感測器插入(第 3 染色體) |
| rut¹ α 葉 | n = 9;整體 p = 0.15;幅度 p = 0.53 | 相加 ≈ 6.6、配對 ≈ 6.2,比 ≈ 0.94(※) | |
| rut¹/+ α 葉 | n = 9;p = 0.027 | 相加 ≈ 5.9、配對 ≈ 8.6,比 ≈ 1.46(※) | 交互作用未檢定;差值 +2.7 vs −0.4(※) |
| 萼部(ACh+DA 皆噴萼部) | n = 12;p = 0.36 | 相加 ≈ 6.0、配對 ≈ 6.5(※) | |
| ACh+OA α 葉 | n = 12;p = 0.0026 | 相加 ≈ 6.3、配對 ≈ 4.8,比 ≈ 0.76(※) | 次加成 |
| ACh+OA α′ 葉 | n = 12;p = 0.03 | 相加 ≈ 12.9、配對 ≈ 10.5,比 ≈ 0.81(※) | |
| ACh+OA rut¹ α 葉 | n = 9;p = 0.03 | 相加 ≈ 7.7、配對 ≈ 6.1,比 ≈ 0.79(※) | 不依賴 rut |
| ACh+OA 萼部 | n = 12;p = 0.29 | 相加 ≈ 5.5、配對 ≈ 4.7(※) | |
| ACh+OA γ 葉 | n = 8;p = 0.17 | 1471;相加 ≈ 3.0、配對 ≈ 2.6(※) | |
| 時間窗:倒序(DA 先 15 s) | n = 13;p = 0.14 | 相加 ≈ 5.1、配對 ≈ 5.9(※ 圖 6D) | 差值 ≈ +0.8 |
| 時間窗:延遲 1 s | n = 7;p = 0.022 | 相加 ≈ 5.7、配對 ≈ 9.0,比 ≈ 1.58(※) | 與圖 5 的 n = 11 不同 |
| 時間窗:延遲 15 s | n = 11;p = 0.011 | 相加 ≈ 4.4、配對 ≈ 6.7,比 ≈ 1.52(※) | |
| 時間窗:延遲 30 s | n = 9;p = 0.24 | 相加 ≈ 5.2、配對 ≈ 4.6(※) | |
| 行為刺激長度 | 氣味與電擊各 60 s | 圖 6A 圖說 | trace 間隔自氣味結束起算 |
| 行為 trace 間隔 | 0、15、30、45 s | 正文「0–45 s」 | CS 開始→US 開始換算為 60、75、90、105 s(本頁計算) |
| 倒序組電擊時間 | 約 −45 s 開始、+15 s 結束(相對氣味開始) | ※ 由示意圖 6A 量 | 可能只是示意 |
| 行為 n | 6 | 每組 6 個 P.I. | 每群果蠅數:?待查 |
| 行為 P.I. | 同時 ≈ 0.72;倒序 ≈ 0.04;trace 0 ≈ 0.47;15 ≈ 0.22;30 ≈ 0.13;45 ≈ 0.05 | ※ 從圖 6B 判讀 | |
| 行為檢定 | 倒序 vs 同時 p < 0.001;vs trace 0 p < 0.001;vs trace 15 p = 0.0122 | ANOVA 後 Fisher's LSD | |
| 記憶測試時間 | 訓練後 3 分鐘 | T 迷宮,3-octanol/benzaldehyde | |
| forskolin(可塑性實驗) | 10 µM,2 分鐘,0.01% DMSO | 每 3 分鐘記錄一次 | |
| forskolin 增強 p | α 葉 0.002;α′ 葉 < 0.001;萼部 < 0.001;n = 13 | t 檢定 | |
| forskolin 增強幅度 | α 7.8→24.6(≈ 3.2 倍);α′ 15.9→32(≈ 2 倍);萼部 17.1→29.4(≈ 1.7 倍)% ΔF/F0 | ※ 從圖 7F 判讀 | |
| dd-fsk 對照 | 10 µM;p = 0.57、0.21、0.40;n = 11 | α、α′、萼部 | |
| 溶劑對照 | 0.01% DMSO;p = 0.84;n = 7 | 僅 α 葉 | |
| 多巴胺增強 | 10 mM(圖說);p = 0.047、0.0028、0.57;n = 13 | α、α′、萼部 | α 5.2→10.6、α′ 18.9→30.8、萼部 22.4→21.8(※) |
| 只有葉部增強的腦 | 3 顆(共 13) | 補充圖 8(?待查) | |
| 候選 AC | 6 個:DAC39E、DAC78C、DAC76E、CG32158、CG32301、CG32305 | 討論 | 未檢驗 |
Hige 2015(MBON-γ1pedc 的多巴胺誘發 LTD)
來源頁:s-hige-2015-heterosynaptic-plasticity。標「圖判讀」者為從長條圖讀出的近似值(尖峰 ±5、電荷 ±20 pC、座標 ±0.02),其餘為論文明列。
| 量 | 值 | 定義/量測方式 | 註記 |
|---|---|---|---|
| MB 葉區室數 | 15 | MBON 樹突在 KC 軸突上鋪成的互不重疊區室(引 Aso 2014a) | 正文第 986 頁 |
| γ1pedc 正向配對,CS+(OCT)尖峰數 | 118 ± 8.3 → 24 ± 7.4(mean ± SEM),n = 7 | 氣味開始後 0–1.4 s 內尖峰數,扣除自發放電;MB320C → CsChrimson;記錄 MBON-γ1pedc | 圖 1F;p < 10⁻⁴(Tukey) |
| 同上,CS+ 降幅 | 80% ± 5.7% | 個別果蠅降幅的平均 | 正文第 988 頁 |
| 同上,CS−(MCH)尖峰數 | 110 ± 11 → 83 ± 14,n = 7 | 同上 | 圖 1F;p < 0.01;正文稱「minimally affected」 |
| 同上,CS− 降幅 | 27% ± 7.1% | 個別果蠅降幅的平均(以平均值算則為 −25%) | 正文第 992 頁 |
| 同上,兩氣味配對效果差異 | p < 0.001 | 重複量測雙因子 ANOVA | 圖 1F |
| 反向配對 n | 7 | 光在前,末次光後 0.5 s 給氣味 | 圖 1I–J;p > 0.05,無效果;OCT 約 95 → 100、MCH 約 82 → 80(圖判讀) |
| 抑制持續時間 | ≥ 40 min | 記錄持續期間,僅少許恢復 | 圖 S4(補充資料未取得) |
| 正向協定光脈衝 | 1 ms × 4 @ 2 Hz,起於 CS+ 開始後 0.2 s | 即 0.2、0.7、1.2、1.7 s;氣味 1 s,故後兩下在氣味結束後 | 方法;「後兩下在氣味外」為本頁推算 |
| 反向協定時間 | 末次光後 0.5 s 給氣味 | 即第一下光在氣味開始前 2.0 s | 推算 |
| 單脈衝協定 | 1 ms × 1,於 CS+ 開始後 0.8 s | 用於圖 7 | 方法 |
| 單脈衝協定下 CS− 降幅 | 20% ± 6.3% | vs 4 脈衝的 27% ± 7.1% | 圖 S6G–I(補充資料未取得),正文第 992 頁 |
| 長協定 | 60 s 氣味 + 1 ms × 120 @ 2 Hz | 用於 α2 與 γ1(圖 S6A–E) | 方法;脈衝數為 1 s 協定的 30 倍、氣味時長 60 倍 |
| 光源 | 627 nm,14.7 mW/mm² | LED(Philips LXM2-PD01-0050)照射腦 | 方法 |
| EPSC 典型振幅 | > 200 pA | 氣味誘發 EPSC,電壓箝制 | 正文第 988 頁 |
| EPSC 電荷轉移降幅(CS+) | 90% ± 3.7%,n = 5 | 0–1.4 s 視窗電荷;QX-314 完全阻斷尖峰 | 圖 3D;p < 0.005;圖判讀約 250 → 25 pC |
| EPSC 電荷(CS−),圖 3 | 約 275 → 220 pC(圖判讀) | 同上 | p > 0.1 |
| 電壓箝制下配對對尖峰的抑制 | 83% ± 4.5%,n = 6 | 無 QX-314,配對期間被抑制的氣味誘發尖峰比例 | 圖 4B |
| 圖 4 尖峰(圖判讀) | CS+ 約 115 → 17;CS− 約 108 → 68 | 同圖 1 定義 | CS+ p < 0.001;CS− p < 0.01;差異 p < 0.005 |
| 圖 4 電荷(圖判讀) | CS+ 約 255 → 60 pC;CS− 約 240 → 155 pC | 100 Hz 低通濾除未箝住尖峰後 | CS+、CS− 皆 p < 0.001;差異 p < 0.005 |
| 鄰區 DAN(MB099C)對 γ1pedc,n | 8 | 1 s 協定 | 圖 5D;p > 0.05;OCT 約 75 → 70(圖判讀) |
| TH-GAL4 對 γ1pedc,n | 5 | 1 s 協定 | 圖 5H;CS+、CS− 皆 p < 0.01;差異 p < 0.05;OCT 約 98 → 14(圖判讀) |
| γ1 誘發時 MBON-γ2α′1,n | 6 | MB320C 驅動,1 s 協定 | 圖 5L;p > 0.1;OCT 約 105 → 91(圖判讀) |
| α2sc,1 s 協定,n | 7 | MB099C 驅動 | 圖 6D;p > 0.1;OCT 約 84 → 76(圖判讀) |
| α2sc,1 min 協定,n | 6 | 同上 | 圖 6H;CS+ p < 10⁻⁵;CS− p > 0.1;差異 p < 0.001;CS+ 約 74 → 5、CS− 約 66 → 58(圖判讀) |
| OCT/MCH 的 KC 重疊 | MCH 反應細胞中 33%、OCT 反應細胞中 30% 對兩者皆反應 | 未說明來源資料 | 正文第 990 頁;與圖 2E 的 53/49 顆換算皆約 16 顆(本頁推算) |
| KC 鈣影像:顯著反應細胞數 | OCT 53 顆、MCH 49 顆(5 隻);不給光對照 32 顆(2 隻) | 有反應=峰值 ΔF/F 超過基線 2.33 SD,且至少半數試驗 | 圖 2E;三組皆小幅下降 p < 0.05(成對 t) |
| 每隻圈選的 KC 細胞體數 | 82 ± 9(mean ± SD),n = 7 隻 | 手動圈 ROI | 方法;反應比例約 12–13% 為本頁推算 |
| 反應變化分布差異 | p > 0.1 | KS 檢定,CS+/CS−/對照兩兩比較 | 圖 2F |
| 族群距離 CS+ vs CS− | p = 0.58 | 配對後試驗到配對前重心的標準化歐氏距離,非成對 t | 圖 2H;cosine、Pearson 亦 p > 0.5 |
| PCA 前兩成分解釋變異 | 54%、22% | KC 族群反應 | 方法 |
| 鈣影像參數 | 920 nm、8–14 mW、20× NA 1.0、255 × 256 像素、停留 1.6 µs、4.8 Hz | 雙光子 | 方法 |
| 鈣影像試驗 | 配對前後各 4 次、每次 21 s、間隔約 40 s | 方法 | |
| 反應視窗/基線 | 0.5–4.5 s/刺激前 5 s;五格移動平均 | 方法 | |
| 電生理電極 | K 內液 5–7 MΩ;Cs 內液 3–5 MΩ;串聯 < 15 MΩ、補償 ≤ 80% | 方法 | |
| 箝制電位 | 電流箝制約 −60 mV(< 50 pA 超極化);電壓箝制 −70 或 −60 mV | 方法 | |
| 濾波/取樣 | 5 kHz/10 kHz | 方法 | |
| QX-314 濃度 | 10 mM | 銫內液 | 方法 |
| 尖峰計數視窗 | 0–1.4 s | 自氣味開始 | 方法 |
| PSTH 平滑 | 高斯核 SD 50 ms | 方法 | |
| KC 閾值測試 | 斜坡 20 pA/s;閾值判準 3 V/s;持續放電 15 pA × 1 s(約閾值電流 1.5 倍) | 方法;結果在圖 S7(未取得) | |
| cell-attached 例數 | 圖 1E–F 1;1I–J 1;7D–E 1;7G–H 2;S3 1 | 與全細胞合併 | 方法 |
| 氣味稀釋 | 2%(類化實驗 1%),1 l/min | 40 ml 瓶、5 ml 純氣味、兩段空氣稀釋 | 方法 |
| 氣味間隔 | 25 s | 配對前後的氣味呈現 | 方法 |
| 基線試驗數 | 通常 5(3–10) | 方法 | |
| 配對時點 | 基線最後一次後 1 min;CS− 於配對後 1 min;配對後量測於 CS− 後 1–1.5 min 起 | 方法 | |
| 配對後試驗數 | 通常 5,至少 3 | 每種氣味 | 方法 |
| 視黃醛(電生理) | 0.5 mM,暗處 36–72 h | F1 雌蠅,羽化當天收集 | 方法 |
| 視黃醛(行為) | 羽化前 0.2 mM、之後 0.4 mM;22 °C、60% RH、全暗 | 方法 | |
| 圖 7,PA 配對 n | 7 | 單脈衝協定 | 圖 7D–E;PA、BA、HP p < 0.005;EL p > 0.1;PA 強於 BA、HP p < 0.05 |
| 圖 7,PA 配對尖峰(圖判讀) | PA 約 105 → 17;BA 約 105 → 28;HP 約 92 → 30;EL 約 88 → 72 | ||
| 圖 7,EL 配對 n | 5 | 單脈衝協定 | 圖 7G–H;EL p < 0.01;HP p < 0.05;其他 p > 0.05;EL 強於 HP p < 0.05 |
| 圖 7,EL 配對尖峰(圖判讀) | EL 約 83 → 20;PA 約 100 → 72;BA 約 98 → 75;HP 約 83 → 53 | ||
| 重疊–抑制相關 | Pearson r = 0.90,p < 0.005 | 8 點(含兩個 CS+ 自身點,重疊 = 1);重疊取自 Campbell 2013 | 圖 7I |
| 同上,去掉自身點(本頁重算) | r ≈ 0.85,p ≈ 0.03(6 點) | 依圖讀座標 (0.11,0.33)(0.19,0.12)(0.24,0.23)(0.29,0.28)(0.44,0.66)(0.63,0.69)(1,0.80)×2 | 本頁推算;以 8 點重算得 r ≈ 0.90、p ≈ 0.003,與論文一致 |
| 行為 PI(圖判讀) | PA/EL 配對約 67、不配對約 5;BA/EL 約 42 vs 9;HP/EL 約 38 vs −2 | PI > 0 表示迴避 PA/BA/HP | 圖 7K;n = 10/組;p < 0.01 |
| 行為光刺激 | 500 ms × 12 | 從圖 7J 讀出 | 其餘參數在補充資料(未取得) |
| 行為/生理類化比例(本頁推算) | 行為 BA、HP 的 PI 約為 PA 的 55–65%;生理 BA、HP 的抑制約為 PA 的 83–86%(0.66、0.69 ÷ 0.80) | 圖 7I 縱軸與圖 7K 的 PI 各自除以 PA 的值 | 推論;圖判讀 |
| 稿件日期 | 投稿 2015-05-04;修訂 2015-09-11;接受 2015-10-14;刊出 2015-12-02 | PDF 第 13 頁 | |
| 圖 4 CS− 降幅(圖判讀推算) | 尖峰約 −37%;電荷約 −35% | 由上兩列的前後值換算 | 均大於圖 1 的 −25%/−27% |
| 圖 5D/5L 的 CS−(MCH)尖峰(圖判讀) | 5D 約 87 → 88;5L 約 89 → 92 | 同圖 1 定義 | 無效果 |
| 圖 5L CS+ 降幅(圖判讀推算) | 約 −13%(105 → 91) | n = 6,不顯著 | |
| OCT/MCH 共同反應細胞數(本頁推算) | 約 16 顆(0.30 × 53 ≈ 15.9;0.33 × 49 ≈ 16.2) | 推論 | |
| KC 反應比例(本頁推算) | 約 12–13%(53 ÷ 410、49 ÷ 410;410 ≈ 5 隻 × 82 顆) | 推論 | |
| CS− 預期降幅(本頁推算) | 0.30–0.33 × 0.80–0.90 ≈ 24–30%(科普文取 0.3 × 0.8 ≈ 0.24,約四分之一) | 重疊比例 × CS+ 降幅,假設每顆 KC 權重相同 | 推論;實測 27% |
| MBON-γ2α′1 記錄 | 頭部在頸部轉 180° | 細胞體位於觸角葉腹側 | 方法 |
| 圖 7E 長條換算的抑制比例(本頁推算) | PA 約 0.84、BA 約 0.73、HP 約 0.67 | (前 − 後) ÷ 前,用長條平均值 | 與圖 7I 點(PA 自身約 0.80、BA/HP 約 0.66/0.69)略異;I 格應為逐隻比例平均 |
| 配對後 EPSC 起始峰保留時段(圖判讀) | 約最初 0.1–0.2 s | 圖 3B–C | 之後持續段大幅降低 |
Cohn 2015(DAN 網路與分區的 KC→MBON 調節)
來源頁:s-cohn-2015-coordinated-neuromodulation。「※ 從圖判讀」者為本庫由圖讀出,誤差約為該圖最小刻度的一半(正規化輪廓 ±0.03、ΔF/F0 ±0.1、EPSC ±1 pA、比值 ±0.03);其餘取自正文、圖說或方法,行號為 .cache/2015-coordinated-and-compartmentalized-neuromodulation-shape/text.txt。PDF 不含補充資料。
| 量 | 值 | 定義/量測方式 | 註記 |
|---|---|---|---|
| 作者數 | 3 | Cohn R、Morantte I、Ruta V | 三人也是 Handler 2019 的作者 |
| 刊期 | 2015-12-17;Cell 163(7):1742–1755 | PMC 作者稿 PMC4732734,PDF 印「available in PMC 2016 December 17」 | |
| KC 數 | 約 2,000 | 引言(第 132 行),非本篇實驗 | |
| γ 葉區室數 | 5(γ1–γ5) | 引言與圖 1A | |
| MB 區室總數 | 15 | 討論(第 669 行) | 與 Hige 2015 頁的 15 同義 |
| sytGCaMP 插入位點 | attP40、attP5、VK00005 | PhiC31 整合(第 838–839 行) | GCaMP6s 與 synaptotagmin 1 以 3×GS 相接 |
| 體積成像層數 | 12–18 層,層距約 2 µm,約 1.5 Hz | 方法(第 851–853 行);8 kHz 共振掃描 | 圖 4C 範例為 15 層 |
| 氣流 | 400–500 ml/min;5%–10% 轉經氣味瓶 | 方法(第 853–856 行);2 mm 鐵氟龍管、10 ml 瓶 | 氣味種類與濃度主文未寫:?待查 |
| 電壓箝制電位 | 名義上 −70 mV | γ4 MBON(第 865 行) | |
| 刺激電極阻抗 | 7–10 MΩ | 裝 2 mM ATP 或 10 mM 乙醯膽鹼(第 870–871 行) | ATP 噴注時長、壓力主文未寫:?待查 |
| 配對定義 | KC 與 DAN 刺激相隔 < 500 ms | 方法(第 880 行) | 只有這一個配對間隔 |
| 不配對定義 | 相隔 > 45 s | 方法(第 881 行);圖 7G 虛線 | 除另註明,所有 DAN 活化實驗皆為不配對 |
| 錄影幀率 | 30 frames/s | Point Grey Firefly,94 mm 鏡頭,紅外 LED | 與 Handler 2019 小室攝影同幀率,用途不同 |
| 禁食時間 | 20–26 h | 給糖前(第 900 行) | 正文另說「隔夜禁食」不改變 KC 輪廓(S3E,?待查) |
| 蔗糖濃度 | 0.2–1 M | 紙芯,微操作器送上 | |
| 電擊 | 0.5 s 脈衝,60–150 V | 腹部鋼電極(第 902 行) | 只用於 DAN 成像(圖 2C) |
| 圖 2B n | 10 條紀錄/9 隻 | 吃糖,DAN sytGCaMP | 同一隻可貢獻多條 |
| 圖 2C n | 21 條紀錄/11 隻 | 電擊 | |
| 圖 2D n | 12 條紀錄/6 隻 | 動作與 DAN 的互相關 | 矩陣無數值 |
| 圖 2E n | 14 條紀錄/6 隻 | 以掙扎起訖對齊 | |
| 圖 3 n | 58E02 8;γ2、γ3、γ4 MBON 各 8;γ5 MBON 12 | P2X2+ATP 活化,DAN sytGCaMP | 統計在表 S1:?待查 |
| 圖 4C 正規化輪廓 | γ2 ≈ 1.2、γ3 ≈ 1.2、γ4 ≈ 0.85、γ5 ≈ 0.72(字母 a、a、b、c) | ※ 從圖判讀;活體氣味,KC sytGCaMP 峰值螢光正規化,n = 21 隻 | 含基線,壓縮了比值;同例原始曲線 γ2/γ3 反應約 1、γ4 約 0.2、γ5 近 0(※ 從圖判讀) |
| 圖 4D 離體輪廓 | 四格約 0.9–1.1,字母全為 a | ※ 從圖判讀;乙醯膽鹼 1–10 V,n = 6 | 單一範例 γ2 ≈ 1.4、γ3/γ4 ≈ 2.0(原始強度) |
| 圖 4F 單軸突小結 | γ2 ≈ 1.8、γ3 ≈ 1.0、γ4 與 γ5 ≈ 0 | ※ 從圖判讀;原始強度(A.U.),單一範例 | 圖說未給 n |
| 單一 KC 形態 | > 80 顆 γ KC 都橫穿整條葉 | 正文(S4A,?待查) | |
| 圖 5A 吃糖後減前 | γ2 ≈ −0.08、γ3 ≈ −0.05、γ4 ≈ +0.07、γ5 ≈ +0.08** | ※ 從圖判讀;正規化輪廓變化,n = 11 | 四格和 ≈ +0.02(正規化的零和) |
| 圖 5B ATP 活化 58E02 後減前 | γ2 ≈ −0.13、γ3 ≈ −0.07、γ4 ≈ +0.17**、γ5 ≈ +0.06 | ※ 從圖判讀;n = 10 | 四格和 ≈ +0.03 |
| 圖 5C 無 P2X2 對照 | 四格皆 ≈ 0,無顯著 | n = 6 | |
| 圖 5D DopR2 突變 vs 野生型 | 野生型 1.08/1.12/0.95/0.87;突變 0.75/0.95/1.22/1.25(γ2–γ5) | ※ 從圖判讀;各 n = 8;四格皆顯著(、、、*) | 輪廓倒轉 |
| 圖 5E γ KC DopR2 RNAi vs 野生型 | 野生型約 1.2/1.25/0.8/0.75;RNAi 約 0.98/1.1/0.95/0.98 | ※ 從圖判讀;RNAi n = 14、野生型 n = 5;γ2 **、γ3 n.s.、γ4 *、γ5 *** | 變平而非倒轉 |
| 顯著性門檻(圖 5–7) | * < 0.05、** < 0.005、*** < 0.0005 | 圖說 | 檢定名稱主文未寫:?待查 |
| 增強持續時間 | 至多約 1 小時(實驗全程) | 正文(S5A,?待查) | 「持續到實驗結束」,不是測到消退 |
| EPSC 潛時 | 3.8 ± 0.1 ms | γ4 MBON,KC 刺激後;與單突觸相符 | |
| 圖 6A 誘發 EPSC | 約 1.5 → 16 pA(*) | ※ 從圖判讀;n = 5 筆紀錄,各取十次刺激平均;離體 | 約十倍,起點近零 |
| 圖 6B γ4 MBON(58E02 DAN) | ΔF/F0 約 0.7 → 2.5(**) | ※ 從圖判讀;n = 6,離體 KC 刺激 | |
| 圖 6C γ2 MBON(γ2 DAN) | ΔF/F0 約 0.5 → 4.8(*) | ※ 從圖判讀;n = 6 | |
| 圖 6D γ2 MBON(58E02 DAN) | ΔF/F0 約 0.8 → 0.6(n.s.) | ※ 從圖判讀;n = 6 | |
| 圖 6E γ4 MBON(γ2 DAN) | ΔF/F0 約 1.4 → 1.1(*),約 −20% | ※ 從圖判讀;n = 6 | 正文:「小而顯著的抑制」 |
| 圖 7B 活體氣味 MBON | γ2 ≈ 0.9 vs γ4 ≈ 0.2(n = 8);γ3 ≈ 1.05 vs γ5 ≈ 0.05(n = 11) | ※ 從圖判讀;ΔF/F0;字母 a/b | 約 4.5 倍與 20 倍 |
| 圖 7C 離體 MBON | γ2 ≈ 1.8、γ4 ≈ 1.7;γ3 ≈ 0.9、γ5 ≈ 1.3 | ※ 從圖判讀;各對 n = 8;字母全為 a | |
| 圖 7D γ4 MBON 氣味(58E02 DAN) | ΔF/F0 約 0.15 → 0.53(*) | ※ 從圖判讀;n = 6,活體 | 約 3.5 倍 |
| 圖 7E γ2 MBON 氣味(58E02 DAN) | ΔF/F0 約 1.05 → 0.6(n.s.) | ※ 從圖判讀;n = 6;六條中四條下降 | 正文寫「unaffected」 |
| 圖 7F 吃糖 | γ4/γ2 比值(F/F0)約 0.62 → 0.70(*) | ※ 從圖判讀;n = 10 | 約 +13% |
| 圖 7I 配對 | ΔF/F0 約 2.0 → 0.35(*) | ※ 從圖判讀;n = 6;從已增強狀態開始(圖說) | 離體 KC 刺激 |
| 圖 7I 不配對 | ΔF/F0 約 0.6 → 2.0(***) | ※ 從圖判讀;n = 12;從已減弱狀態開始 | 與 Handler 2019 離體 ±6 s「幾乎不變」並列,見來源頁第五節第 6 條 |
| 圖 7J 氣味配對 | 配對/未配對氣味比值約 1.35 → 0.6(**) | ※ 從圖判讀;n = 10;活體 | 比值讀出,不能分辨配對減弱與未配對增強 |
Ichinose 2015(PAM-α1/MBON-α1 迴圈與獎賞型 LTM)
來源頁:s-ichinose-2015-reward-recurrent-circuit。「※ 從圖判讀」者為本庫由長條圖讀出,誤差約 ±0.02–0.03 LI;其餘取自正文、圖說或方法,行號為 .cache/2015-reward-signal-in-a-recurrent-circuit-drives-appetitive-/text.txt(pdftotext -layout)。LI=學習指數(learning index):兩組互為對照訓練的偏好指數平均;偏好指數取 2 分鐘選擇的後 60 s(第 636–638 行),換算公式論文未寫。STM=訓練後 5 分鐘,LTM=訓練後 24 小時。本篇各圖的 LI 絕對值不宜跨圖比(對照組 LTM 在 0.24–0.58 之間浮動)。
| 量 | 值 | 定義/量測方式 | 註記 |
|---|---|---|---|
| 作者數 | 6 | Ichinose、Aso、Yamagata、Abe、Rubin、Tanimoto | Aso 與 Rubin 亦為 Hige 2015 作者 |
| 刊期 | 投稿 2015-08-10;接受 2015-10-05;刊出 2015-11-17;eLife 4:e10719 | 第 45–47 行 | PMC4643015;CC BY(版本號未印) |
| MB 內在神經元數 | 約 2000 顆 KC | 引言引文獻(第 60 行) | 非本篇量測 |
| MBON-α1 細胞數 | 2 | MCFO 多色標記(圖 1G;第 164 行) | 「形態非常相似」 |
| PAM-α1 細胞數 | 論文未給 | 搜過 comprises、number、cell bod | 圖 1A 可見數顆細胞體(未計數) |
| Airyscan 解析度 | 橫向 140 nm、軸向 400 nm(488 nm) | LSM880,32 個 GaAsP 偵測器(第 605–607 行) | 用於圖 2B–D |
| 比例尺 | 圖 1、2A/B/E/F:10 µm;圖 2C/D:1 µm;圖 3:20 µm | 圖說 | 圖 4、5 圖說寫 20 µm 但無顯微影像(⚠️ 圖說殘留) |
| 每管果蠅數 | 約 50 隻 | 第 620 行 | |
| 訓練氣味 | 3-OCT 1%、4-MCH 2%(石蠟油稀釋),杯徑 14 mm;各 1 min | 第 621–625 行 | 一半的組在第一個氣味給糖 |
| dTrpA1 實驗氣味 | 3-OCT 與 4-MCH 各 10%;杯徑「3 mm and 5」 | 第 625–626 行 | ⚠️ 第二值缺單位 |
| 類化實驗氣味 | 1-辛烯-3-醇 1%、2-MCH 2%;混合比 100:0、80:20、60:40、40:60、20:80、0:100 | 第 627–628 行;第 300 行 | |
| 測試 | T 迷宮 2 min,取後 60 s | 紅外線照明、攝影機、ImageJ 計數 | 訓練暗紅光、測試全暗 |
| shi 溫度 | 限制 32°C;容許 24°C | 第 628–629 行 | UAS-shi^ts1 單拷貝(第 537 行) |
| dTrpA1 溫度 | 30°C,活化 1 min | 由 24°C 移入預熱管(第 642 行) | |
| 果蠅年齡與飢餓 | 羽化後 3–10 天;飢餓至測試時死亡率 5–15% | 第 644 行 | |
| 飼養 | 24°C、相對濕度 60%;NMDAR RNAi 實驗前另在 30°C 4–5 天 | 第 534–535 行 | |
| 鞏固期阻斷 | 訓練後立刻 1 h(0–1 h)vs 訓練後 22 h 起 1 h(22–23 h) | 圖 9 圖說 | 訓練時阻斷的持續時間未寫 |
| 統計 | 單樣本 t 檢定或單因子 ANOVA + 計畫內 Bonferroni;α=0.05 | Shapiro–Wilk、Bartlett(第 651–653 行) | 星號代表與哪個對照比,未說明(圖 10 除外) |
| 圖 3C n/LI | n=10、10、12;MB299B/+ ≈ 0.41、MB299B/shi ≈ 0.25(n.s.)、UAS-shi/+ ≈ 0.30 | 5 min,訓練時 32°C | ※ 從圖判讀 |
| 圖 3D n/LI | n=9、12、12;≈ 0.27、0.06(*)、0.38 | 24 h,訓練時阻斷 PAM-α1 | ※ 從圖判讀;實驗組約為對照平均的 18% |
| 圖 3G n/LI | n=6、7、10、6、10;MB310C/+ ≈ 0.34、MB310C/shi ≈ 0.26(n.s.)、MB323B/+ ≈ 0.43、MB323B/shi ≈ 0.46(n.s.)、UAS-shi/+ ≈ 0.39 | 5 min | ※ 從圖判讀 |
| 圖 3H n/LI | n=23、24、13、14、24;≈ 0.35、0.13(**)、0.36、0.17()、0.42 | 24 h,訓練時阻斷 MBON-α1 | ※ 從圖判讀;約為對照平均的 34%(MB310C)、44%(MB323B) |
| 圖 4B n/LI | n=16、8、13、12、13;NR-1/+ ≈ 0.40、NR-1/MB299B ≈ 0.62(n.s.)、NR-2/+ ≈ 0.47、NR-2/MB299B ≈ 0.62(n.s.)、MB299B/+ ≈ 0.60 | 5 min,PAM-α1 RNAi | ※ 從圖判讀 |
| 圖 4C n/LI | n=18、8、22、20、29;≈ 0.43、0.19(**)、0.49、0.27(*)、0.47 | 24 h | ※ 從圖判讀;MB299B/+ 0.47 高於圖 3D 的 0.27(飼養溫度不同) |
| 圖 5B n/LI | n=16、24、24;MB310C/+ ≈ −0.05、MB310C/dTrpA1 ≈ 0.15(*)、UAS-dTrpA1/+ ≈ 0.00 | 24 h,不給糖,活化 MBON-α1 配氣味 1 min | ※ 從圖判讀 |
| 圖 6A n/LI | n=17、10、11、11、18、12、7、12、27;c739/+ ≈ 0.53、c739/RNAi ≈ 0.13()、MB008B/+ ≈ 0.43、MB008B/RNAi ≈ −0.01(**)、MB310C/+ ≈ 0.31、MB310C/RNAi ≈ 0.44(n.s.)、MB323B/+ ≈ 0.42、MB323B/RNAi ≈ 0.34(n.s.)、DopR1-RNAi/+ ≈ 0.36 | 24 h,DopR1 RNAi | ※ 從圖判讀 |
| 圖 6B n/LI | n=12、10、7、13;dumb²+UAS ≈ −0.02、dumb²/++MB247 ≈ 0.29、救援 ≈ 0.40、+/+ ≈ 0.57 | 24 h;*** 為第 1 與第 3 柱;n.s. 為第 3 與第 4 柱 | ※ 從圖判讀;「fully rescues」=與野生型無顯著差異,柱高約七成 |
| 圖 7A n/LI | n=8、7、7、8、9;c739/+ ≈ 0.72、c739/shi ≈ 0.55(n.s.)、MB008B/+ ≈ 0.43、MB008B/shi ≈ 0.58(n.s.)、UAS-shi/+ ≈ 0.50 | 5 min,阻斷 α/β KC | ※ 從圖判讀 |
| 圖 7B n/LI | n=7、7、18、19、20;≈ 0.42、0.15()、0.41、0.26()、0.44 | 24 h,訓練時阻斷 α/β KC | ※ 從圖判讀 |
| 圖 8A n/LI | n=20、21、11、13、20;MB310C/+ ≈ 0.28、MB310C/shi ≈ 0.09(**)、MB323B/+ ≈ 0.29、MB323B/shi ≈ 0.12(*)、UAS-shi/+ ≈ 0.29 | 24 h,只在測試時阻斷 MBON-α1 | ※ 從圖判讀;剩約三到四成 |
| 圖 8B n/LI | n=7、7、10;≈ 0.24、0.24(n.s.)、0.33 | 只在測試時阻斷 PAM-α1 | ※ 從圖判讀;低 n 的陰性結果 |
| 圖 9A/9B n/LI | A:n=16、15、22;≈ 0.36、0.17(***)、0.39。B:n=15、15、14;≈ 0.26、0.28(n.s.)、0.32 | PAM-α1,訓練後 0–1 h(A)vs 22–23 h(B) | ※ 從圖判讀;A 約為對照平均的 45% |
| 圖 9C/9D n/LI | C:n=15、16、14、20、34;≈ 0.29、0.09(**)、0.43、0.23()、0.45。D:n=16、15、13、13、23;≈ 0.27、0.26(n.s.)、0.47、0.46(n.s.)、0.38 | MBON-α1 | ※ 從圖判讀;C 中 MB310C 約為對照平均的 24% |
| 圖 9E/9F n/LI | E:n=9、8、10、7、15;≈ 0.58、0.07()、0.36、0.15()、0.35。F:n=12、12、15、12、15;≈ 0.44、0.34(n.s.)、0.39、0.39(n.s.)、0.32 | α/β KC | ※ 從圖判讀;E 中 c739 約為對照平均的 15% |
| 圖 10C(STM)LI | 每組 n=16;100:0 ≈ 0.56、80:20 ≈ 0.43(n.s.)、60:40 ≈ 0.38()、40:60 ≈ 0.42()、20:80 ≈ 0.33()、0:100 ≈ 0.15(*) | 4-MCH:2-MCH 混合,與 100:0 比 | ※ 從圖判讀;0:100 約為 100:0 的 27% |
| 圖 10D(LTM)LI | 每組 n=24;≈ 0.31、0.28、0.31、0.34、0.25、0.23,全部 n.s. | 同上,24 h | ※ 從圖判讀;0:100 約為 100:0 的 74%;未做斜率差異(交互作用)檢定 |
Aso & Rubin 2016(各區室 DAN 的寫入與更新規則,行為)
來源頁:s-aso-2016-dan-cell-type-rules。「※ 從圖判讀」者為本庫由圖讀出:圖 1F 的點誤差約 ±0.02 PI;盒鬚圖(圖 2–4)讀的是中位數,誤差約 ±0.05 PI、比值約 ±0.05。其餘取自正文或圖說,行號為 .cache/2016-dopaminergic-neurons-write-and-update-memories-with-cel/text.txt。注意:PDF 文字層會吃掉負號與 µ(例:圖 1 圖說的 −0.01 在文字層是 0.01;34.9 µW/mm² 在文字層是 mW),以下值已對照 200–300 dpi 整頁渲染。 PI 定義:(A 象限隻數 − B 象限隻數)/總隻數,取測驗最後 30 s 平均,A/B 互換兩組平均;圖 2、3 嫌惡型品系改號(正值=學到)。
| 量 | 值 | 定義/量測方式 | 註記 |
|---|---|---|---|
| 作者數 | 2 | Aso Y、Rubin GM | |
| 日期 | 投稿 2016-03-21;接受 2016-07-18;刊出 2016-07-21 | eLife 5:e16135 | PMC4987137;CC BY(版本未註明) |
| DAN 型數(MB) | 20 | 摘要,引 Aso et al. 2014a、2014b | |
| 區室數 | 15 | 第 65 行,引 Tanaka 2008、Aso 2014a | 與 Hige 2015 所引相同 |
| KC 數 | 約 2000 | 第 57 行 | |
| 每型 MBON 的 KC 輸入 | 約 90 到約 2000 顆,分布於 1–2 個區室 | 解剖資料,第 69–70 行,引 Aso 2009、2014a | |
| 每顆 KC 接觸的 MBON 型數 | 5–6 | 途經式突觸,第 70–71 行 | |
| 本篇品系涵蓋的區室 | 11/15 | 第 360 行 | ⚠️ 圖 5B 方框含 pedc 共 12 格;圖 3F 圖說稱 MB320C 支配「γ1 與 pedc 區室」 |
| 品系組數 | 6 組;其中 3 組為兩型 DAN 的組合 | 第 355–356 行 | MB099C、MB213B、MB315C+MB109B |
| MB099C 組成 | PPL1-γ2α′1 + PPL1-α′2α2(兩型) | 第 370 行、圖 2A | ⚠️ 跨來源矛盾:Hige 2015 寫四型(另含 α′3、α3) |
| 有放電資料的 DAN 型數 | 3(MB320C 一型+MB099C 兩型) | 第 353–355 行,引 Hige 2015 | Hige 來源頁只提 PPL1-γ1pedc 與 PPL1-α′2α2 兩型的補充圖 S2 |
| 競技場尺寸 | 直徑 10 cm、高 3 mm;容積 23.5 mL | 圖 1 圖說、影片 1 圖說 | |
| 氣流 | 每臂進氣 100 mL/min;中央抽氣 400 mL/min | 方法第 1103–1104 行 | 換氣約 3.5 s;氣味到周邊約 2 s、再約 3 s 充滿 |
| 每群果蠅數 | 約 20 隻雌蠅,4–10 日齡 | 方法第 1101 行 | |
| 實驗溫濕度 | 25 °C、50% | 暗室 | 飼養 22 °C、60%、暗處 |
| 視黃醛 | 羽化前 0.2 mM;之後 0.4 mM(all-trans) | 方法第 1003–1004 行 | |
| 氣味稀釋 | OCT 1:1000;MCH 1:750;PA 1:5000;EL 1:5000 | 石蠟油 | |
| 紅光 | 627 nm 峰值;34.9 µW/mm²(果蠅位置) | 圖 1 圖說 | Hige 2015 生理實驗為 14.7 mW/mm²,不同裝置 |
| 標準訓練 | 60 s 氣味;30 下 × 1 s 光,閥門開啟後 5 s 起 | 圖 1 圖說 | 頻率未寫(※ 推論每 2 s 一下) |
| 短訓練 | 10 s 氣味;3 下 × 1 s 光 | 圖 2B | 與長訓練同時改變時長與光脈衝數 |
| 間隔訓練 | 10 次,每次間隔 15 min | 圖 2C | |
| 測驗 | 1 min;PI 取最後 30 s | 圖 1 圖說 | |
| 對照:無驅動品系 | PI = 0.07,SEM 0.037,N = 14 | pBDPGAL4/UAS-CsChrimson | |
| 對照:無效應品系 | PI = −0.01,SEM 0.031,N = 10 | MB320C/w1118 | 文字層誤為 0.01 |
| 圖 1D 第一次測驗(MB320C) | PI ≈ −0.67~−0.70 | ※ 從圖判讀,最後 30 s | |
| 圖 1D 第二次測驗 | 保留 ≈ −0.65;未配對氣味 ≈ −0.45;未配對 DAN ≈ −0.20;CS 反轉 ≈ +0.50 | ※ 從圖判讀;訓練後約 10 min | 正文稱未配對 DAN「幾乎完全消除」,⚠️ |
| 圖 1F ISI 掃描(MB320C) | ISI −90/−60/−30/−20/−10/0/+10/+20/+30/+60 s → PI −0.01/+0.14/+0.15/+0.12/−0.01/−0.39/−0.45/−0.16/−0.07/+0.03 | ※ 從圖判讀;ISI=光起點−氣味起點;10 s 氣味、10 s 內 3 下光 | 對 0:n.s./**/**/*/n.s./***/***/**/n.s./n.s.;N = 10–14;Wilcoxon+Bonferroni |
| 喜好窗 | 光比氣味早 20–60 s | 正文第 300–301 行 | |
| 嫌惡窗 | 正文「氣味開始後 30 s 內」;顯著點為 0、+10、+20 s | 第 295–298 行 | +30 s n.s. |
| R58E02 長 vs 短訓練 | PI 0.72 vs 0.15 | 圖 2 圖說;約 90 顆 PAM | 涵蓋三組獎賞品系的約 50 顆 DAN;比值 ≈ 0.21(本頁計算) |
| 圖 2B 長→短訓練中位數 | 320C 0.60→0.45;99C 0.29→0.16;43C 0.36→0.16;213B 0.30→0.13;315C 0.47→0.22 | ※ 從圖判讀;改號 | 顯著:43C *、213B *、315C **;N = 8–16 |
| 圖 2B 比值中位數 | 320C 0.75;99C 0.62;43C 0.45;213B 0.47;315C 0.48 | 短訓練平均÷長訓練個別值 | 顯著只有 320C vs 三組獎賞型(***) |
| 圖 2C 即時/1 日/4 日 | 320C 0.60/0.18/0.05;99C 0.36/0.33/0.20;630B 0.12/0.28/0.20 | ※ 從圖判讀;改號;1 日、4 日為 10× 間隔訓練 | 對 0:即時 ***/***/n.s.;1 日 */**/**;4 日 n.s./*/*;N = 8–12 |
| 圖 3B 即時→1 日;比值 | 320C 0.62→0.10,0.18;99C 0.30→0.08,0.37;43C 0.35→0.22,0.57;213B 0.33→0.20,0.67;315C 0.47→0.05,0.18 | ※ 從圖判讀;不同群果蠅 | 中間格:***/*/n.s./n.s./***;N = 8–18 |
| 圖 3C 未配對氣味 | 320C 0.60→0.44,0.75;99C 0.33→0.05,0.20;43C 0.35→0.15,0.55;213B 0.30→0.08,0.28;315C 0.48→0.25,0.55 | ※ 從圖判讀;同群 | n.s./**/n.s./**/*;N = 10–18 |
| 圖 3D 未配對 DAN | 320C 0.63→0.20,0.33;99C 0.37→0.15,0.43;43C 0.43→0.40,0.90;213B 0.35→0.08,0.28;315C 0.42→0.03,0.10 | ※ 從圖判讀;同群;30 下光無氣味 | ***/*/n.s./*/***;N = 10–17 |
| 圖 3E 反轉配對 | 320C 0.65→0.50,0.85;99C 0.27→0.30,1.05;43C 0.35→0.10,0.38;213B 0.33→0.22,0.55;315C 0.45→0.52,1.30 | ※ 從圖判讀;同群 | n.s./n.s./*/n.s./n.s.;N = 10–16 |
| 圖 3F 容量 | MB043C 測驗 1–6 ≈ 0.27/0.27/0.27/0.05/0.03/0.30;MB320C ≈ 0.12/0.45/0.50/−0.08/−0.05/0.57 | ※ 從圖判讀;A=PA、B=OCT、C=EL、D=MCH | 320C 測驗 1 vs 3 **;43C n.s.;N = 8–12 |
| 圖 4A 即時 | VT045661 −0.47;合併 −0.38;MB043C +0.33 | ※ 從圖判讀;未改號;餓 48 h | VT vs 合併 n.s.;簡單相加預期 −0.14(本頁計算) |
| 圖 4A 1 日 | VT045661 −0.07;合併 +0.27;MB043C +0.30 | 同上 | 合併 vs 43C n.s.;N = 8–12 |
| 圖 4B 野生型 | 測驗 1 +0.32;測驗 2 −0.27;測驗 3 −0.36 | ※ 從圖判讀;N = 8 | 無統計檢定 |
| 糖訓練 | 2 min;1 日後測 | 圖 4B | |
| 電擊 | 12 下 × 1.25 s,60 V,1 min | 圖 4B | |
| 飢餓 | 24–48 h(方法,喜好記憶);48 h(圖 4) | 1% 洋菜 | 圖 2、3 光遺傳獎賞實驗是否飢餓未說明 |
| 圖 5A n.d. 格數 | 9/42 | 6 項 × 7 欄 | 「容量」7 格中 5 格 n.d. |
| KC 多巴胺受體數 | 4 | 討論,引 Crocker et al. 2016 | 非本篇實驗 |
| 攝影 | 30 幀/s;Fiji | 方法 |
Felsenberg 2017(獎賞記憶的消退與再鞏固)
來源頁:s-felsenberg-2017-re-evaluation。「※ 從圖判讀」者為本庫由圖讀出,PI 誤差約 ±0.02、ΔF/F0 約 ±0.02、標準化 AUC 約 ±0.03;其餘取自正文、圖說或 Methods,行號為 .cache/2017-re-evaluation-of-learned-information-in-drosophila/text.txt(pdftotext -layout),另附 PDF 頁碼。PI 正值=偏向 CS+(延伸圖 1i 縱軸「Approach」向上);PI 換算公式本篇未寫(引 Krashes & Waddell 2008)。行為的 n 為「群」(每群 50–100 隻),圖說只給下限。
| 量 | 值 | 定義/量測方式 | 註記 |
|---|---|---|---|
| 作者數 | 5 | Felsenberg、Barnstedt、Cognigni、Lin、Waddell | 通訊作者 Waddell |
| 刊期 | 2017-04-13;Nature 544(7649):240–244 | 線上先行 2017-04-05;投稿 2016-08-24;接受 2017-02-21 | 期號 7649 取自 Europe PMC;PMC5392358(Europe PMC 作者稿 EMS71650) |
| 每群果蠅數 | 50–100 隻 | 行為的一個 n | Methods,PDF 第 5 頁 |
| 果蠅日齡(行為) | 4–9 日齡,雌雄混合 | 成像為 3–8 日齡 | |
| 訓練前禁食 | 18–24 h,1% 洋菜 | 全程禁食 | |
| 訓練協定 | CS− 2 min → 空氣 30 s → CS+ 2 min + 乾蔗糖 | 單次訓練 | CS− 結束到糖開始相隔 30 s(本頁由協定推得) |
| 再活化協定 | 2 × 2 min,間隔 15 min,不給糖 | CS+、CS−、新氣味或空氣 | 延伸圖 2:1 次或 3 次也有效 |
| 再活化時間點 | 訓練後 3 h(主實驗);21 h(延伸圖 3b) | ||
| 測驗 | T 迷宮 2 min;訓練後 6 h(主實驗),另有 3 h、24 h | CS+ vs CS−,或 CS+ vs 新氣味(僅圖 2f) | |
| 氣味濃度 | OCT 7 µl/8 ml;MCH 7–12 µl/8 ml;IAA、EB 各 7 µl/8 ml | 溶於礦物油 | |
| shits1 阻斷溫度 | 32 °C(正文、各圖);33 °C(Methods) | 高於 29 °C 阻斷、低於 25 °C 恢復(正文) | ⚠️ 單篇自身不一致 |
| 升溫時段 | 再活化前 30 min 至再活化結束 | 「期間阻斷」 | 「之後阻斷」:再活化後立即移入預熱瓶 |
| 冷休克 | 冰上 2 min | 預冷塑膠瓶 | |
| 圖 1a PI | 空氣 0.29、CS− 0.32、CS+ 0.01;空氣 0.23、新氣味 0.20 | 再活化後 6 h;n ≥ 8 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 1c PI(阻斷 PPL1) | TH>shi:CS− 0.065、CS+ 0.17;MB504B>shi:CS− 0.04、CS+ 0.13;對照 CS− 約 0.27–0.32 | n ≥ 10 | ※ 從圖判讀;CS+ 約救回 45–57%(本頁計算) |
| 圖 1b PI(阻斷 PAM,R58E02) | 實驗組 CS− 0.30、CS+ −0.09 | n ≥ 15 | ※ 從圖判讀;消退不受影響 |
| 圖 2a PI | 無處理 0.20;只冰 0.18;只聞 CS− 0.30;聞 CS− 後冰 −0.03 | n ≥ 7 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 2b PI | 未冰 0.42;CS− 後 0、30、90 min 冰:0.08、0.05、0.26 | n = 10 | ※ 從圖判讀;只 0、30 min 顯著;90 min 約為未冰的六成 |
| 圖 2c PI(阻斷 MB-MV1,MB296B) | 實驗組 CS− 0.02、CS+ −0.06;對照 CS− 0.21、0.30 | n ≥ 12 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 2d PI(再活化後阻斷 MB-MV1) | 0.30、0.255、實驗組 0.20 | n ≥ 23,NS | ※ 從圖判讀;主圖中最大的 n |
| 圖 2f PI(CS+ vs 新氣味) | 對照 0.20、0.20;實驗組 −0.01 | n ≥ 11 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 3a PI(阻斷 V2,MB052B) | 實驗組 CS− 0.21、CS+ 0.12;對照 CS+ −0.12、−0.02 | n ≥ 9;實驗組內 NS | ※ 從圖判讀 |
| 圖 3c–e V2→PPL1 ΔF/F0 | 細胞 1:−0.015 → 0.04(升,5 隻);細胞 2:0.005 → 0.033(NS,4 隻);細胞 3:0.02 → −0.02(降,4 隻) | 離體,光前 1 s vs 光後 1 s,成對 t 檢定 | ※ 從圖判讀;細胞型未指認 |
| 圖 4a PI(阻斷 γ2α′1 MBON,MB077C) | 實驗組 CS− 0.12、CS+ −0.08;對照 CS− 0.25、0.265 | n ≥ 12 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 4b PI(3 h 表現) | 0.18、0.26、實驗組 0.045 | n ≥ 15 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 4c γ2α′1→MB-MV1 ΔF/F0 | 約 0.03 → 0.72 | 離體,圖上 4 筆(每筆是果蠅或細胞未說明),GCaMP6f,細胞體 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 4d γ2α′1→PAM ΔF/F0 | 約 0.01 → 0.53 | 離體,圖上 5 筆(同上),GCaMP6m,γ5 區室;光 200 ms | ※ 從圖判讀 |
| 圖 4e 標準化 AUC(γ2α′1 MBON) | CS− OCT:訓練 1.17 vs 假訓練 1.03;CS− MCH:1.33 vs 1.07;CS+ 兩組約 1.0,NS | 5 s 氣味期間 F/F0 積分,除以同隻 IAA 的 AUC;訓練後 2.5–3.5 h;n ≥ 13 | ※ 從圖判讀;增幅約 14%、24%(本頁計算) |
| 圖 4f PI(阻斷 PAM,R58E02) | 立即:對照 0.24、0.27,實驗組 0.005;90 min 後:0.195、0.245,實驗組 0.155 | n ≥ 9 | ※ 從圖判讀 |
| 在體成像排除數 | 圖 4e:15/73(假訓練 9、訓練 6);延伸圖 4e:9/56(5、4);延伸圖 4f:3/34(括號內 1、3) | 看不到氣味反應者排除 | ⚠️ 延伸圖 4f 括號內相加為 4 |
| 光遺傳 LED | 630 nm,0.85 mW/mm²;40 Hz、每脈衝 10 ms,共 500 ms(圖 4d 為 200 ms) | 離體 | 632/10 帶通濾鏡 |
| 視黃醛 | 1 mM,1–3 天 | 光遺傳前飼養 | |
| 成像 | 910 nm;256 × 256 像素;5.92 Hz | 雙光子 | 離體 F0=刺激前 9 s 至前 1 s 平均 |
| 在體氣味 | 每種 5 s,間隔 15 s;先 40 s 空氣;重複 3 次只呈現第 1 次 | 稀釋 100×,再與空氣 1:9 混合 | |
| 消退持續 | 至少到訓練後 24 h | 延伸圖 2(圖說 c);n = 8 | 「看不出自發恢復」 |
| 延伸圖 3a、3b PI | IAA/EB 對:未冰 0.38 vs 冰 0.05(n = 9);21 h 再活化:0.335 vs 0.03(n = 10) | ※ 從圖判讀 | |
| MB504B 標記的 PPL1 型 | 4 型:γ1pedc(MB-MP1)、γ2α′1(MB-MV1)、α′2α2(MB-V1)、α3 | 延伸圖 6c | 支配 γ1pedc、γ2、α′1、α′2、α2、α3 共 6 個區室名(※ 推論,見 report.md) |
| R58E02(GAL4 與 LexA)標記的 PAM 型 | 13 型:α1、β1、β1ped、β2、β′1ap、β′1m、β′2a、β′2m、β′2p、γ3、γ4<γ1γ2、γ4、γ5 | 延伸圖 6a、6o | ⚠️ 與 Handler 2019「γ4–5 DANs」的標示不同 |
| V2 群 MBON(MB052B) | 5 型:α2sc、α′1、α2p3p、α′3ap、α′3m | 延伸圖 6j | R71D08-LexA 只標其中 3 型(α2sc、α′3ap、α′3m) |
| 區室總數(引文) | 15 | 引 Aso et al. 2014a | 與庫內 c-mb-compartment 一致 |
Felsenberg 2018(嫌惡記憶的消退:並行的相反記憶在 M6 整合)
來源頁:s-felsenberg-2018-memory-extinction。「※ 從圖判讀」者為本庫由圖讀出,P.I. 誤差約 ±0.02、標準化 AUC 中位數誤差約 ±0.05;其餘取自正文、圖說或 STAR 方法,行號為 .cache/2018-integration-of-parallel-opposing-memories-underlies-mem/text.txt。n 與 p 值全部在表 S1,表 S1 不在本 PDF 內,所以本節沒有任何 p 值;n 只有「從圖數點」的近似。P.I. 的正負號與 Tomchik 2009 相反:本篇 P.I. =(CS+ 臂數 − CS− 臂數)÷ 總數,躲 CS+ 為負。
| 量 | 值 | 定義/量測方式 | 註記 |
|---|---|---|---|
| 作者數 | 16 | Felsenberg J … Waddell S | 通訊作者 Waddell |
| 刊期 | 2018-10-18;Cell 175(3):709–722.e5;線上 2018-09-20 | 期號 (3) 取自 PubMed,PDF 未印 | PMC6198041;CC BY 4.0;PubMed 頁碼記 709–722.e15 |
| 投稿/修訂/接受 | 2018-01-24/2018-08-07/2018-08-13 | 第 1076–1079 行 | |
| 行為果蠅 | 4–9 日齡,雌雄混合;每管約 80–100 隻 | 方法第 1347–1348 行 | GAL4 雄 × UAS-Shi^ts1 雌 |
| 行為環境 | 23 °C、相對濕度 55–65% | 第 1353 行 | |
| Shi^ts1 限制溫度 | 30–33 °C(方法);>29 °C(正文);圖上標 32 °C | 第 1353–1354、238 行 | 三處寫法不同,不衝突 |
| 阻斷時段 | 約 40–45 分鐘,自訓練後不久至第二次再暴露後 | ※ 從圖 1C、1D、2F 協定圖判讀;圖 S2B 圖說「45 min」 | ⚠️ 正文稱「限於再暴露期間」 |
| 氣味稀釋 | 10⁻⁴ 或 10⁻⁶(行為);預暴露實驗另用 10⁻³ | MCH、OCT,礦物油 | 新氣味 IAA 10⁻⁶(成像) |
| 訓練 | CS+ 1 min + 90 V 電擊 12 下(每 5 s);空氣 45 s;CS− 1 min | 第 1356–1357 行 | 顯微鏡下第一下電擊在 CS+ 開始後 1.2 s(第 1396 行) |
| 測驗 | T 迷宮 2 min;訓練後 60 min | ||
| 再暴露主協定 | CS+ 1 min × 2,ITI 15 min,訓練後 30 min 起 | ITI=前次結束到下次開始 | |
| n 的定義(行為) | 兩組互換氣味訓練的平均=1 個 n | 第 1363–1364 行 | 各圖 n:表 S1(未取得) |
| 圖 1A P.I. | 不再暴露 −0.44;2×CS+ ITI 1 min −0.43;2×CS+ ITI 15 min −0.28;5×CS+ ITI 1 min −0.29 | ※ 從圖判讀 | |
| 圖 1B P.I. | 不再暴露 −0.39;2×CS− −0.38;2×CS+ −0.20 | ※ 從圖判讀 | |
| 消退幅度 | 圖 1A 約 36%(0.16/0.44);圖 1B 約 49%(0.19/0.39);圖 1C、1D 對照約 35–47% | 本頁計算:(基準 − 消退組)÷ 基準 | 部分消退 |
| 圖 1C P.I.(PAM 阻斷) | R58E02/+:CS− −0.36、CS+ −0.19;Shi/+:−0.29、−0.18;R58E02>Shi:−0.28、−0.30(ns) | ※ 從圖判讀 | |
| 圖 1D P.I.(PPL1 阻斷) | MB504B/+:−0.34、−0.22;Shi/+:−0.36、−0.22;MB504B>Shi:−0.34、−0.21 | ※ 從圖判讀 | 允許溫度對照未見於 PDF |
| 圖 S1B | 10⁻³ 約 −0.44;10⁻⁶ 約 −0.39 | ※ 從圖判讀 | 「相近」 |
| 圖 S1C 再訓練 | 立即:−0.58、−0.60、−0.55;90 min:訓練+消退+再訓練 −0.52、訓練+再訓練 −0.51、只再訓練 −0.29 | ※ 從圖判讀 | |
| 圖 S1D(23 °C,R58E02) | −0.37/−0.21;−0.33/−0.21;−0.32/−0.22(CS−/CS+) | ※ 從圖判讀 | ⚠️ 圖說寫「for Figure 1D」 |
| 圖 S1E(測驗時阻斷 PAM) | 約 −0.34、−0.22、−0.27 | ※ 從圖判讀 | ns |
| 光遺傳果蠅 | 6–7 日齡雌;1 mM 視黃醛 1–2 天 | 第 1373–1374 行 | 離體腦 |
| 光刺激 | 630 nm LED(632/10 濾鏡);0.85 mW/mm²;10 ms 脈衝 40 Hz 共 500 ms;基線 10 s | 第 1377–1381 行 | |
| 離體成像 | 雙光子 910 nm;256×256 px;5.92 Hz | 第 1381–1383 行 | |
| 離體量化 | F0=前 9 s 平均;刺激前 1 s vs 刺激開始後 1 s,配對 t | 第 1386–1387 行 | 「反彈」未量化 |
| 圖 2B γ5 DAN | ΔF/F0 約 +1.75(個別約 0.5–2.5);5 個腦 | ※ 從圖判讀、數線 | 對照(圖 S2A)無反應 |
| 圖 2C–E | γ4、β′2p、β′2m 皆 ns;各約 4 個腦 | ※ 數線 | |
| 圖 2F P.I. | CS+ 再暴露:VT1211/+ −0.10、Shi/+ −0.10、VT1211>Shi −0.24;CS− 再暴露:−0.29、−0.32、+0.05 | ※ 從圖判讀 | CS− 組阻斷後躲避消失,論文稱「unexpectedly」 |
| 圖 S2B(只升溫 45 min,不再暴露) | −0.25、−0.24、−0.19 | ※ 從圖判讀 | ns |
| 圖 S2C(23 °C) | CS+:−0.15、−0.15、−0.07;CS−:−0.31、−0.31、−0.39 | ※ 從圖判讀 | |
| 活體成像果蠅 | 3–8 日齡,雌雄 | 第 1390 行 | |
| 活體成像物鏡 | 40×,NA 0.8 水鏡 | 第 1409–1410 行 | |
| 成像時間點 | 訓練(或假訓練)後 1 h;CS+、CS−、IAA 各 5 s,間隔 30 s 空氣 | 第 1402–1405 行 | |
| AUC 定義 | 5 s 氣味期間 F/F0 積分 ÷ 同隻同輪 IAA 的 AUC;F0=氣味前 2 s | 第 1415–1419 行 | 新氣味反應小者被放大 |
| 圖 3 中位數(標準化 AUC) | MVP2 只訓練 CS+ 0.2 / CS− 0.55;MVP2 消退後 0.2 / 0.4;M6 只訓練 0.22 / 0.22;M6 消退後 0.20 / 0.65;M4β′ 0.23 / 0.20、0.28 / 0.30 | ※ 從圖判讀 | 不同組為不同果蠅,跨組只能定性比 |
| 圖 6 中位數(軸突) | M4β′ 只訓練 0.55 / 0.40;M6 只訓練 0.60 / 0.37;M6 消退後 0.40 / 0.42;M4β′ 消退後 0.32 / 0.23 | ※ 從圖判讀 | |
| 成像統計 | CS+ vs CS−:配對 t 或 Wilcoxon | 第 1490–1491 行 | 無組間或交互作用檢定 |
| 電顯追蹤完整度 | 突觸前 99.8%、突觸後 91.7%;突觸後偽陽性 2.2% | 引 Schneider-Mizell et al. 2016(第 1450–1452 行) | 非本篇自測 |
| MVP2 → M6R 突觸 | 17(下界 16.6、上界 18.4) | 方法表,第 1459 行 | 圖 S4B:左 MVP2 6 + 右 MVP2 11 |
| MVP2 → M6L 突觸 | 16(15.6–17.3) | 方法表,第 1460 行 | ⚠️ 圖 S4B 只畫左 MVP2 → M6(L) 15 |
| MVP2 → M4β′ 突觸 | 47(46–50.8) | 方法表,第 1461 行 | 圖 S4B:左 4 + 右 43 |
| 上界算法 | 論文值約=找到數 × 1.083;若以 ÷ 0.917 算為 18.5、17.4、51.3 | 本頁計算 | 差 < 1 個突觸 |
| 對側 MVP2 輸入比例 | M6(R):6/17 = 35%;M4β′(R):4/47 = 9% | 本頁由圖 S4B 計算 | 論文未討論 |
| 追蹤審核者經驗 | ≥ 2 位,各 > 500 h | 第 1440–1441 行 | |
| γ5 DAN 數 | 8–21 顆 | 引 Aso et al. 2014a(第 659 行) | 非本篇自測 |
| 光學顯微 | Zeiss LSM 880 Airyscan;63×/NA 1.46 油鏡 | 第 1426–1427 行 | |
| 引用的晚期消退 | 訓練後 2 天消退者 4 天內維持低;5 天時消退者 4 天後恢復 | 引 Hirano et al. 2016(第 1014–1017 行) | 非本篇實驗 |
Handler 2019(多巴胺受體路徑與聯結學習的時序敏感度)
來源頁:s-handler-2019-dopamine-receptor-timing。「※ 從圖判讀」者為目測讀值,誤差約為圖上最小刻度的一半;行號指
.cache/2019-distinct-dopamine-receptor-pathways-underlie-the-tempor/text.txt。
| 量 | 值 | 定義/量測方式 | 註記 |
|---|---|---|---|
| ISI 定義 | DAN 起點 − 氣味/KC 起點 | 負值=DAN 在前(逆向),正值=DAN 在後(順向);只看起點(第 1116–1124 行) | 不計持續時間 |
| 行為小室每室果蠅數 | 4–7 隻 | 雌蠅,口吸管裝入 | 統計單位是「盒」 |
| 行為小室內部尺寸 | 20 × 50 × 3 mm | 雷射切割壓克力 | |
| 抽氣流量 | 0.75–1.25 L/min/室 | 真空抽氣 | |
| 攝影幀率(小室) | 30 frames/s | Point Grey Firefly | |
| 光遺傳 LED(小室) | 627 nm,約 18–40 μW/mm²,照 1 s | CsChrimson | PAM=MB042B,PPL=MB504B |
| 全反式視黃醛 | 0.4 mM | 食物中,1–3 日齡雌蠅轉入後暗養 2–3 天 | |
| 氣味長度(小室) | 2 s | 全部氣味呈現 | |
| 單分子氣味稀釋(小室) | 1:1000 重質礦物油 | Iba、Mch、苯甲醛、1-己醇 | ACV 用原液 |
| 小室 FP 時序 | ISI +1 s | ACV 2 s,最後 1 s 打光 | |
| 小室 BP 時序 | ISI −2 s | 打光 1 s 起點比 ACV 早 2 s | DAN 結束到氣味開始空檔 1 s |
| 交替訓練次數 | 50 次(FP 25 + BP 25) | 圖 1、7 等 | |
| 訓練試次長度 | 11.6 s(圖 2A–B 為 20 s) | ||
| 訓練後到測試 | 60 s | ||
| 氣流換向 | 氣味開始前 19 s、結束後 20 s | 上下兩端各放一次氣味取平均 | |
| 行為 ISI 掃描 | −6、−2、0、+1、+6 s,各 10 次,隨機交錯 | 圖 2A–B | 相鄰最近間距 1 s |
| 行走判定門檻 | > 0.3 mm/s(1 pixel/s) | 個體軌跡分析 | |
| 圖 1F PPL Δ位移 | FP 約 −3.7 mm;BP 約 +3.5 mm | 相對前一次測試;n=8 盒 | ※ 從圖判讀;***p≤0.001 |
| 圖 1G PAM Δ位移 | FP 約 +4.2 mm;BP 約 −4.2 mm | 同上,n=8 盒 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 1 盒數/隻數 | PAM 8 盒 48 隻;PPL 8 盒 48 隻 | STAR Methods 表 | |
| 圖 2A PPL Δ位移 | −6 s +0.8;−2 s +3.0;0 s +2.1;+1 s −2.2;+6 s −3.4 mm | vs CsCh 對照 Mann-Whitney+Bonferroni,全部 ** | ※ 從圖判讀 |
| 圖 2A PAM Δ位移 | −6 s −0.2(NS);−2 s −2.8(*);0 s +0.8(NS);+1 s +2.0(*);+6 s +0.2(NS) mm | 同上 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 2A CsCh 對照 Δ位移 | −6 s −0.5;−2 s −0.6;0 s −0.1;+1 s +0.7;+6 s +0.2 mm | ※ 從圖判讀 | |
| 圖 2A 盒數/隻數 | PAM 6/34;PPL 6/34;CsCh 7/38 | n=6–7 次實驗 | |
| PAM 行為變號點 | 約 −0.44 s | 本頁以 −2 s(−2.8)與 0 s(+0.8)線性內插 | 本頁計算 |
| 離體 KC 刺激 | 10 mM 乙醯膽鹼,電極 7–10 MΩ,方波 500 ms、0.1–15 V | 離子導入 calyx | |
| 離體 DAN 刺激 | 2 mM ATP;5 × 100 ms 脈衝、間隔 20 ms、2.5–5 V(≈ 580 ms,圖標 0.6 s) | P2X2 化學遺傳 | |
| 離體試次間隔 | ≥ 20 s | ||
| 離體腦解剖 | 1–4 日齡雌雄;膠原酶 2 mg/mL 處理 45 s | 生理鹽水 265 mOsm、pH 7.5 | |
| MBON 反應讀法 | KC 刺激後 2 s 內峰值,以 2–3 s 前基線標準化;前後各 2 次取平均 | ||
| 離體 ISI 掃描 | −6、−1.2、−0.6、0、+0.5、+6 s | 圖 2D–E、5D–E | |
| 圖 2E γ4 Δ峰值 | −6 s +0.2;−1.2 s +1.55;−0.6 s +0.25;0 s −1.1;+0.5 s −0.8;+6 s −0.08 ΔF/F | n=5–6 隻/ISI | ※ 從圖判讀;顯著:−1.2 p≤0.001、0 p<0.05、+0.5 p≤0.01 |
| 雙光子激發波長 | 920 nm(EPAC 為 850 nm) | Bruker Ultima | 物鏡 40× NA 0.8 或 60× NA 1.0,512×512 |
| 圖 3C 雙氣味 Δ位移 | 氣味 1 FP +3.9/氣味 2 BP −4.7;氣味 2 FP +5.0/氣味 1 BP −3.7 mm | n=8 盒(48 隻) | ※ 從圖判讀;***p≤0.001 |
| 雙氣味行為時序 | PAM 在氣味 1 開始後 1 s、氣味 2 前 2 s;氣味間 1 s 乾淨空氣 | 對氣味 1 ISI +1、對氣味 2 ISI −2 | |
| 在體雙氣味時序 | DAN 於氣味 1 開始後 1.5 s、氣味 2 前 1.7 s;氣味間 1.2 s;DAN 4 × 100 ms、5 V | 圖 3F,n=5 隻 | 氣味 1:10 稀釋;載流 400 mL/min,分流 5% |
| 電擊參數 | 兩次 1 s、70 V、間隔 200 ms;FP 氣味比電擊早 500 ms;BP 電擊比氣味早 3 s | 圖 S3E(方法標題誤寫 S3D) | 分流 40% 過 ACV |
| 閉迴路球 | 直徑約 6.5 mm;攝影 60–61 fps | FicTrac | |
| 閉迴路送氣 | 400 mL/min,分流 20%;ACV 10 s;兩次相隔 30 s | ||
| 閉迴路光遺傳 | 565 nm,約 150 μW/mm²,1 s | ChrimsonR,經物鏡照射 | |
| 閉迴路 FP 時序 | ISI +9 s | ACV 10 s,最後 1 s 打光 | 本頁計算 |
| 閉迴路 BP 時序 | ISI −2 s | 打光 1 s,再 1 s 後給 ACV | |
| 閉迴路訓練到測試 | 40 s | ||
| 閉迴路量測延遲補償 | 500 ms | 氣味到達觸角的延遲 | |
| 閉迴路樣本 | 8 隻,每隻 3–4 輪,共 27 輪 | 圖 4 | |
| 圖 4C 行為 Δ位移 | FP 約 +11 mm(*);BP 約 −13 mm(***) | 動物平均,n=8 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 4E γ4 Δ反應 | FP 約 −0.15(***);BP 約 +0.055 ΔF/F(**) | 同上 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 4F 逐次相關 | Spearman rho=−0.552,p=2.06×10⁻⁵ | FP 與 BP 合併 | 反推約 54 點(27 輪 × 2) |
| 圖 4F 動物平均相關 | Spearman rho=−0.624,p=0.0116 | FP 與 BP 合併,16 點 | |
| 反推 p(n=27) | 約 0.0028 | 以 t 近似,rho=−0.552 | 本頁計算,用於判斷點數 |
| 反推 p(n=54) | 約 1.5×10⁻⁵ | 同上 | 本頁計算 |
| 反推 p(n=16) | 約 0.0098 | rho=−0.624 | 本頁計算 |
| 圖 5A–C 樣本 | DAN GCaMP n=5;VMAT-pHluorin n=5;GRAB_DA1m n=7 | FP 與 BP | |
| ER-GCaMP 讀法 | KC 刺激後 1 s 平均,以 2–4 s 前標準化 | 圖 5、6 | |
| EPAC 讀法 | DAN 活化後 4 s 平均 CFP/YFP 比,以 2–4 s 前標準化 | ||
| 圖 5E cAMP | −6 s 0.067;−1.2 s 0.095;−0.6 s 0.118;0 s 0.15;+0.5 s 0.122;+6 s 0.08 ΔR/R | n=6;全部 ** | ※ 從圖判讀 |
| 圖 5E 內質網鈣 | −6 s 0.00(NS);−1.2 s −0.08(**);−0.6 s −0.06(*);0 s 0.00(NS);+0.5 s +0.01(**);+6 s 0.00(NS) ΔF/F | n=7;負值=釋放 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 5F 模型(本頁重算) | −6 s 0.11;−1.2 s 0.66;−0.6 s 0.17;0 s −0.89;+0.5 s −0.66;+6 s −0.05 | 由圖 5E 讀值各自最小最大標準化、內質網釋放取正,相減 | 本頁計算 |
| Gαq 抑制劑 | YM-254890 10 μM(DMSO) | 浴液給藥,與 DMSO 對照交錯 | |
| 圖 6B cAMP | WT FP 0.15/BP 0.11;DopR1−/− 0.04/0.03(***);DopR2−/− 0.175/0.145(NS) ΔR/R | n=5–6 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 6D 內質網鈣 BP | WT −0.092;DopR1−/− −0.065(NS);DopR2−/− +0.004(**) ΔF/F | FP 各組約 +0.01(NS) | ※ 從圖判讀 |
| 圖 6E 野生型 γ4 | FP 1.22 → 0.42;BP 1.22 → 2.8 ΔF/F | 配對前→後,n=5;*** | ※ 從圖判讀;由圖 2D 重繪 |
| 圖 6F DopR1−/− γ4 | FP 1.35 → 1.65(*);BP 1.25 → 2.1(***) | n=5 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 6G DopR2−/− γ4 | FP 1.05 → 0.47(*);BP 1.2 → 0.42(**) | n=5 | ※ 從圖判讀 |
| DopR1−/− 殘留 cAMP | 約 27% | 0.04 ÷ 0.15(FP) | 本頁計算 |
| DopR1−/− 殘留內質網鈣 | 約 70% | 0.065 ÷ 0.092 | 本頁計算 |
| 圖 7C Δ位移 | WT +4.8/−4.8;DopR1−/− +0.6/−0.6 mm | n=7 盒;****p≤0.0001 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 7D Δ位移 | WT +4.9/−5.1;DopR2−/− +1.0/−0.8 mm | n=7 盒 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 7 盒數/隻數 | DopR1 對照 7/42;DopR1−/− 7/42;DopR2 對照 7/37;DopR2−/− 7/42 | STAR Methods 表 | |
| 圖 7 絕對位移 | DopR1−/− 約 2–4 mm;DopR2−/− 約 8–12 mm(整場) | 右欄 | ※ 從圖判讀 |
| S8F–S 未訓練比較 | 每基因型 4 盒 20 隻,9 次氣味測試 | 單因子 ANOVA | 補充圖未取得 |
| qRT-PCR 樣本 | 8 顆 1 日齡腦/基因型 | 2^ΔΔCt,內參 alphaTub84B | |
| 圖 3F、S4E 動物先前訓練 | 先經「氣味 1 逆向、氣味 2 順向」 | 第 1720–1721 行 | 「基線」非未訓練 |
| cAMP 的 FP 高於 BP | 約 28–36% | 圖 5E:0.122 vs 0.095;圖 6B WT:0.15 vs 0.11 | 本頁計算;論文未檢定,正文稱 "comparable" |
| DopR1−/− 的 BP 增強幅度 | 約 +0.85 vs WT 約 +1.6 ΔF/F | 圖 6E–F 配對後減配對前 | 本頁計算 |
| 突變行為殘留比例 | 約 12–21% | 圖 7C–D:0.6÷4.8、0.8÷5.1、1.0÷4.9 | 本頁計算 |
| 閉迴路 post-BP 相對 FP 前的淨 γ4 變化 | 約 −0.1 ΔF/F | −0.15 + 0.055 | 本頁計算 |
| 閉迴路行為淨變化 | 約 −2 mm | +11 − 13 | 本頁計算 |
| 圖 1D PPL 整體位移漂移 | 前約十次 5–12 mm,後段 2–5 mm | 右欄平均位移 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 1E PAM 整體位移 | 約 5–15 mm | 右欄 | ※ 從圖判讀 |
| 圖 7A 第 1 列(基線)位移 | WT 約 8 mm;DopR1−/− 約 3 mm | 右欄 | ※ 從圖判讀 |
| 離體 DAN 長度計算 | 580 ms | 5 × 100 ms + 4 × 20 ms | 本頁計算 |
| 在體雙氣味 BP 空檔 | 約 1.24 s | 1.7 s − DAN 長度 0.46 s(4×100 ms+3×20 ms) | 本頁計算 |
| PPL 行為變號點 | 約 +0.49 s | 以 0 s(+2.1)與 +1 s(−2.2)線性內插 | 本頁計算 |
| PPL 與 PAM 翻轉點差 | 約 0.9 s | +0.49 −(−0.44) | 本頁計算 |
| 圖 6D 內質網鈣 FP | 三基因型皆約 +0.01 ΔF/F(NS) | ※ 從圖判讀 |
cAMP 訊號(cAMP signaling) 巧合偵測(coincidence detection) 制約刺激與非制約刺激的時序(CS–US timing) 離體全腦製備(ex vivo brain explant) KC→MBON 突觸可塑性(KC-MBON synaptic plasticity) 蘑菇體區室(MB compartment) 記憶鞏固與再鞏固(memory consolidation and reconsolidation) 記憶消退(memory extinction) 氣味類化(odor generalization) 表現指數(performance index, P.I.) 突觸前末梢的鈣(presynaptic calcium) 間隔與集中訓練(spaced and massed training) 以人工活化取代非制約刺激(US substitution) 全細胞膜片鉗記錄(whole-cell patch clamp) c739-GAL4 驅動品系(c739-GAL4) CsChrimson(紅光活化通道) KC 上的多巴胺受體(dopamine receptors DopR1/DopR2) 多巴胺神經元(dopaminergic neuron, DAN) Epac 系 cAMP 感測器(Epac-based cAMP sensor) GCaMP 系鈣感測器(GCaMP calcium indicators) Kenyon 細胞(Kenyon cell, KC) MB099C 驅動品系(MB099C split-GAL4) MB504B 驅動品系(MB504B split-GAL4) 蘑菇體輸出神經元(mushroom body output neuron, MBON) γ4 輸出神經元(γ4 MBON) 蘑菇體(mushroom body) 四象限光遺傳嗅覺競技場(optogenetic olfactory arena) ATP 門控通道 P2X2(化學活化,chemogenetic activation) PAM-α1 多巴胺神經元(PAM-α1) PPL1-γ1pedc 多巴胺神經元(PPL1-γ1pedc, MB-MP1) PPL1-γ2α′1 多巴胺神經元(PPL1-γ2α′1, MB-MV1) R58E02 驅動品系(R58E02 driver lines) T 迷宮(T-maze) TH-GAL4 與 TH+DDC 驅動(TH-GAL4 and TH/DDC drivers) 索引 Aso 2016 · dan cell type rules Cohn 2015 · coordinated neuromodulation Felsenberg 2017 · re evaluation Felsenberg 2018 · memory extinction Handler 2019 · dopamine receptor timing Hige 2015 · heterosynaptic plasticity Ichinose 2015 · reward recurrent circuit Tomchik 2009 · camp dynamics 更新履歷 矛盾、未解問題與本庫自身的不確定性 從多巴胺到突觸改變:KC 軸突怎麼讀出增強訊號 輸出神經元回頭指揮多巴胺神經元:MBON→DAN 回饋迴路 先後與間隔:氣味和多巴胺的時序如何決定學到什麼